在治疗爱滋病病毒抗体呈阳性的病人的过程中，令人感到棘手的问题是，病毒具有潜伏于T细胞的能力。这些免疫系统细胞想必由爱滋病病毒（抗原）所激发，而之后能够稳定下来，并在血液里进入冬眠状态长达数年之久。科学家们已在衰老的T细胞中找到隐藏的复制病毒。不久前，在新生的T细胞中也发现病毒的复制。在《Nature Medicine》杂志2001年4月号中，研究人员提出，被爱滋病病毒感染的“幼稚”T细胞来源于被爱滋病病毒感染的胸腺，胸腺生成T细胞并将之释放入血液。为验证这一理论，他们在感染爱滋病病毒的老鼠胸腺组织的培养细胞组织中加入具有T细胞抗原作用的物质。在24小时内，培养细胞组织中的病毒基因的数量上升了30倍。这些结果也许能解释为什么大多数病人在被爱滋病病毒感染后要经历一个病毒的增殖期，这也许有助于研制出治疗潜伏的爱滋病的新方法。
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